Sul lato sinistro presenta l'ingresso a quelli che erano i locali di servizio del convento annesso alla chiesa e, sul lato destro, l'antico porticato esterno (portaria), con le arcate murate, all'interno delle quali i frati alloggiavano e prestavano assistenza ai pellegrini e ai mendicanti.

All'interno della chiesa, ad un'unica navata, sul lato sinistro si aprono tre cappelle dedicate rispettivamente alla Madonna del Rimedio, a S. Francesco d'Assisi ed al Crocifisso (aggiunta dopo il 1736 con il nome di Santa Maria del Monte Carmelo). Sul lato sinistro si trova un artistico coro ligneo capace di 31 stalli, 23 nel semicerchio superiore e 4 per parte nel semicerchio inferiore. Sul lato destro della navata è sistemato un pulpito di legno. Sulle pareti del presbitero si aprono le nicchie che rinchiudono il simulacro della Madonna degli Angeli. Negli ultimi restauri intorno al 1980 durante il rifacimento del pavimento della Cappella della Madonna del Rimedio è stata scoperta una botola che tramite una piccola scala di sette gradini conduceva ad una cripta adibita a sala sepolcrale.

L'edificazione dell'annesso Convento tra il 1652 ed il 1659, è da inserirsi in quel processo di rinnovamento ecclesiastico che aveva investito la Sardegna dopo il Concilio di Trento. Le comunità dei frati Cappuccini dovevano stabilirsi all'interno o in prossimità dei centri abitati e occuparsi della vita spirituale dei fedeli, della gente comune, ma anche della nobiltà, e vivere di elemosine e donazioni. Gli aiuti finanziari, e le donazioni di terreni e di fabbricati, dovevano essere finalizzati alla edificazione di chiese e di conventi seguendo i canoni dell'architettura povera. Pertanto, nel gennaio del 1649 il Capitolo decise di erigere a Ploaghe un Convento di frati Cappuccini nel sito dove era ubicata la chiesa di Sant'Antonio da Padova. Il 9 maggio 1652, come risulta dall'iscrizione presente in una lastra collocata all'interno della chiesa, con una cerimonia ufficiale di autorità civili e religiose di Ploaghe, avvenne la fundacion, il possesso giuridico del fabbricato. Due anni dopo, il 9 marzo 1654 si procedette alla deposizione della prima pietra fundamental. I lavori procedettero con lentezza a causa della peste. La costruzione del Convento fu ultimata nel 1659 grazie al contributo di molti fedeli e ai lasciti testamentari. L'istituzione in poco tempo divenne anche sede di noviziato e studentato per i nuovi frati. Pertanto nel corso del settecento si edificò un secondo dormitorio.

Il Convento, soppresso nel 1866 in seguito all'attuazione delle leggi repressive emanate dallo Stato Sardo nei confronti degli ordini religiosi, fu incamerato dal Demanio che poi lo cedette in parte al Comune, e in parte alla Provincia per Caserma dei Regi Carabinieri. I vani appartenenti al Comune, in seguito furono adibiti a carceri mandamentali e poi a scuole elementari. I locali delle carceri furono lasciati liberi il 30 settembre 1964, quelli della caserma il 30 maggio 1981 che nel 1987, la Provincia ha concesso in comodato al Comune di Ploaghe per 99 anni. Nell'antico convento dei cappuccini si possono ammirare l'acquaio di pietra, e lo splendido pozzo ubicato al centro del cortile interno, ed in tempi recenti il restauro del corridoio d'ingresso ha portato alla scoperta di un parlatorio e di tre sedili in pietra, due laterali e uno frontale.

La chiesa ha una rampa per disabili.